孕激素通常在雌激素的基础上发挥效应，孕激素可以降低子宫平滑肌兴奋性及其对缩宫素的敏感性，抑制子宫收缩，有利于胚胎在胎儿宫内的生长发育。

孕激素可以使增生期子宫内膜转化为分泌期内膜，为受精卵着床做准备，使宫口闭合，粘液分泌减少，性状变粘稠，抑制输卵管节律性的收缩的振幅，加快阴道上皮细胞的脱落，促进乳腺腺泡的发育。

孕激素在月经周期中具有增强雌激素对垂体促卵泡素排卵峰值释放的正反馈作用，在黄体期对下丘脑垂体有负反馈的作用。

孕激素促进水钠的排泄，孕激素可以兴奋下丘脑体温调节中枢，使体温在排卵后升高0.3到0.5度，临床上可以此作为判定排卵日期的标志。