激光近视手术的后遗症很少，最常见的后遗症是干眼症。本病的发生是由于在手术过程中切削角膜的同时也将角膜表面神经切断，因而患者经常有眼睛干涩的症状，但这种情况可随着角膜的恢复而逐渐减轻。

目前全飞秒近视激光手术对眼睛角膜的损伤更小，术后没有并发症和后遗症，并且手术的精确度越来越高。

部分患者术后可出现眩光的症状，这种情况多是由于角膜水肿未完全消退导致，这也可以随着角膜水肿消退而逐渐消失。