龟头间歇性疼痛，考虑以下原因引起：

1.包皮过长局部容易残留包皮垢，导致大量的细菌和分泌物堆积在包皮下，从而引起炎症，导致龟头间歇性疼痛感。

2.过频繁的性生活、过度手淫，导致龟头部位长期处于充血的状态，反复受到摩擦而引起的隐痛。

3.泌尿系统疾病，比如前列腺炎、尿路感染，由于炎症的反复刺激，对龟头部位会造成刺激，也可引起龟头出现疼痛。

如果有尿路结石，影响了排尿，过多的尿液潴留在尿道，可对龟头造成刺激，引发疼痛。