小便后尿道有透明黏液，一般是由于尿道炎、尿道囊肿引起的。因为患有尿道炎或者尿道囊肿后，会引起尿道组织水肿、充血，容易分泌透明黏液，所以排尿后，会有透明黏液流出。

另外，男性人群患有前列腺疾病，会压迫尿道组织的，这种情况下同样会引起尿道有透明黏液。而女性人群患有宫颈炎阴道炎时，会使尿道组织水肿，这种情况下也会引起尿道有透明黏液出现。

建议做尿道、前列腺和妇科方面相关检查，明确具体致病原因，然后积极给予治疗。治疗期间，应保持尿道清洁卫生，不要同房。