患有卵巢囊肿停经了，如果有性生活史，需要检查是不是怀孕了，因为有些卵巢囊肿不影响怀孕。

如果排除怀孕的可能，停经不一定是卵巢囊肿的原因，可以用黄体酮催经，同时需要检查停经的原因。内分泌失调、甲状腺疾病、多囊卵巢综合征、过度节食等均会引起停经，需要抽血化验性激素六项及甲状腺功能，排除因为内分泌原因引起的停经。

如果卵巢囊肿超过5cm，观察两三个月没有消失，需要手术治疗。手术的目的主要是预防卵巢囊肿发生破裂、蒂扭转，或者发生癌变。