男性龟头流脓的原因如下：

1.龟头炎。如果龟头炎特别严重就可导致龟头流脓，并且伴有溃疡、疼痛、渗出等症状，但是排尿都比较正常，应提取局部的分泌物进行涂片培养，根据致病菌的类型使用相关的药物进行治疗。

2.如果龟头流脓还伴有尿频、尿急、尿痛、尿道烧灼感等症状，可能为淋病。为不洁的性生活所导致，主要的致病菌为林球菌，脓性分泌物呈现黄色。在进行分泌物涂片培养时能够明确致病菌的类型，然后选用敏感抗生素类药物进行治疗。