卵巢囊肿手术切除的是囊肿不是卵巢组织。卵巢囊肿是良性肿瘤是不需要切除卵巢的，只切除囊肿即可。如果切除卵巢，会影响内分泌，引起早绝经或者是卵巢功能衰退，引起不孕等情况发生。如果术中发现卵巢囊肿性质不好，可疑是恶性的，要做快速病理。如果快速病理是有异常的，可能会切除卵巢，术后还要做大病理进一步证实。如果术中发现只是卵巢单纯囊肿，是良性肿瘤，只切除囊肿就可以了，不需要切除卵巢。