残窦综合征的治疗主要是进行手术，将B2式更改为B1式，彻底切除残余的胃窦，也可以同时配合切除双侧迷走神经。

残窦综合征主要是因为胃窦切除不完全，导致吻合口溃疡，这属于一种复发性的溃疡，是因为胃窦黏膜受到十二指肠液的刺激，产生了胃泌素，当胃泌素吸收入血后会刺激壁细胞，使得胃液分泌过多，所以会出现吻合口的溃疡。常见的临床表现为上腹疼痛、烧灼感、反酸、恶心、呕吐等。

当出现残窦综合征时，应该进行及时地治疗，避免发生严重的后果。