小腿后部的腘窝囊肿，一般治疗上选择两种方案：

1.采取穿刺抽吸的方式进行治疗。可以在彩超引导下，将一个细针穿刺到囊肿中心，然后将囊液抽出。这种情况一般创伤小，而且对于一些比较大的囊肿，抽吸后能够有效地缓解症状。但是主要一个缺点就是很容易造成复发。

2.临床上可以通过外科手术的方式，将腘窝囊肿彻底完整切除。主要的优点在于能够有效、彻底地治愈腘窝囊肿，而且很少会出现复发的情况。但是弊端就是创伤比较大，切口有时也比较长。