5岁宝宝半夜牙疼最好先不要使用药物，可先通过一些保守的方法达到止痛的目的。

首先可以让宝宝使用生理盐水漱口，如果口腔内因细菌大量生长引起的牙疼，及时清理后减少细菌刺激就会有明显效果，同时可以让宝宝含一个冰块或者在宝宝疼痛一侧的面部进行冷敷，同样会有止痛的效果。

另外，宝宝牙疼还可能是上火引起的，可以喝些金银花、菊花等缓解，严重的可服用清热去火的中成药物。宝宝半夜牙疼可能是龋齿引起的，止疼以后还需要去口腔科针对龋齿治疗。