射精时尿道疼痛主要是由于输精管狭窄导致的，一般情况下和输精管炎、睾丸炎、附睾炎、前列腺炎这些疾病有关。因为当这些器官组织存在炎症后，会使输精管组织充血、水肿，从而导致输精管狭窄。

另外，当阴茎海绵体受外力挤压或者病毒感染后，会使海绵体组织增大压迫输精管，这时排精时也会出现尿道疼痛感。

建议按摩小腹部和会阴部位，促进输精管和阴茎海绵体组织血液循环，改善射精尿道疼痛症状。