肚脐眼两侧痛，可能是严重的便秘，肠道中的粪便滞留过多，所造成的肠管扩张，引起压力增高，导致肚脐眼两侧发生疼痛，通常会伴有腹胀、口臭等相关的临床症状。

也可能是阑尾炎，刚发病的时候，在肚脐周围疼痛。随着病情的进展，会转移到右下腹，引起疼痛。肠道发生急性的炎症，比如细菌性痢疾、病毒感染，会造成肚脐眼两侧有疼痛的感觉，还会引起腹泻，甚至全身发烧等临床症状。

女性在月经期间，也有可能发生肚脐眼两侧疼痛，由于痛经所引起也可以引起此症状。月经过后，疼痛会自然消失。