急性扁桃体发炎通常是由细菌或者病毒感染所引起，常见的致病细菌包括乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等，致病病毒包括腺病毒、流感病毒、副流感病毒、EB病毒等。

在人体抵抗力下降的时候，例如受凉、过度劳累、紧张、休息不足等情况下，这些病原体可侵入人体，大量繁殖而导致急性扁桃体发炎。

另外，扁桃体邻近器官的炎症，如咽炎、鼻炎等也可蔓延至扁桃体而引起发炎。烟酒中含有各种对人体健康有害的物质，这些物质摄入过多时也会刺激扁桃体而引发急性扁桃体炎。