多发性肛乳头瘤的治疗方法，主要有用药保守治疗、电灼治疗以及手术治疗。

对于一些体积非常小的肛乳头瘤，如果平时没有临床症状，可以针对病因治疗。因为肛乳头瘤大多是由于肛窦内慢性炎症刺激导致纤维增生所形成的，可以通过使用痔疮栓或者抗生素栓剂塞肛门治疗肛窦的炎症。

对于一些体积比较小的肛乳头瘤，也可以在局麻下通过电灼的方法去除肛乳头瘤。而对于一些体积比较大的肛乳头瘤，排便时会脱出肛门的情况下就需要考虑行手术切除。具体治疗方式的选择，需要听取专业肛肠外科医生的意见。