肠胃不好的口臭需要治疗原发疾病，同时保证口腔卫生。

如果确定是肠胃不好，又伴有口臭，首先要查幽门螺杆菌，因为幽门螺杆菌会产生口臭的症状。可以到医院进行幽门螺杆菌的检测，如果感染了幽门螺杆菌，宜通过标准的国际四联疗法根除，疾病治愈后口臭症状会消失。如果是消化不良造成的口臭，可以给予助消化的药或一些酶类制剂。如果是因为肠道菌群紊乱造成的口臭，可以补充益生菌。

另外，便秘或腹泻也同样会出现口臭。在这种情况下可以给予胃动力药，或调整肠道功能的药，来防止口臭的发生。平时要注意口腔卫生，减少有气味食物的食用。