根据病因可将慢性附睾炎分为三类。

第一类，慢性炎症性附睾炎，指伴有异常肿胀、硬结及其他炎症表现的疼痛或不适。

第二类，阻塞性慢性附睾炎，指伴有先天性、获得性或医源性的附睾或输精管梗阻所致的疼痛或不适（如先天性梗阻或输精管结扎术后瘢痕形成）。

第三类，慢性附睾痛，指触诊附睾形态质地正常，无明确病因的附睾痛或不适。一般认为慢性炎症性附睾炎的致病菌是通过输精管腔逆行进入，通过淋巴系统入侵。由于附睾的解剖特点，附睾受感染后易发生肿胀、组织机化甚至结节形成，显微镜下瘢痕非常显著，常可看到附睾管闭塞，组织被淋巴细胞和浆细胞浸润。