体外碎石在治疗过程中，对病人结石的治疗是有益的，但适应证掌握不好，可能还会带来一些危害性。当除患有泌尿系结石之外，还合并有尿路感染，尿路感染没有彻底治愈，就进行体外震波碎石，可能会加重上尿路的感染，严重者可能还会出现感染性休克。

体外碎石如果能量过大、频次过多，对泌尿系的黏膜、肾脏均有损伤，可能会出现大量出血以及肾脏血肿。结石过大进行体外碎石，还有可能会引起输尿管石街以及肾绞痛。

如果病人有冠心病、肺部疾病等基础疾病，这些基础疾病在发病中就进行体外碎石，还有可能会加重这些疾病发作，严重者危及生命。