长期的食用高脂高热量的食物；吸烟、喝酒；头屑过多，经常性的烫染头发；工作压力太大、长期熬夜及心理情绪紧张等众多因素。

细菌感染，造成头皮油脂分泌过多，引起毛囊口角化过度，形成栓塞导致头部供血不足、影响毛囊营养比例失衡等。造成头部毛囊的生存环境严重恶化，最终头发失去了毛囊的滋养，影响毛发生长，导致毛发细软脱发，毛囊萎缩。

此外，雄性激素也是导致毛囊萎缩的原因。雄性激素和人体内的一种5α-还原酶合成一种更强的雄性激素—双氢睾酮，双氢睾酮会导致毛囊萎缩，甚至枯萎脱落，这也是雄性激素脱发的原因。

先天性遗传因素也可能会导致毛囊萎缩。