在患者出现内毒素血症的病情发生时，需要针对引起内毒素病情发作的病原体来选择敏感的药物进行治疗，大多可以取得良好的治疗效果，有效的控制住病情的进展。

对于病原体尚未明确的患者，临床上可以选择使用广谱抗生素联合抗厌氧菌类药物进行治疗，还可以进行选择性肠道脱污染治疗。

也可以选择使用内毒素类似物、亚单位疫苗、抗体、重组蛋白、多粘菌素等治疗，内毒素合成和细胞内信号传导的小分子抑制剂等也有治疗效果，也可以选择进行中医中药治疗。