感染性急性中毒脑病的后遗症和患者病情的严重程度有关，病情越重，越有可能发生后遗症。感染性急性中毒脑病，导致的后遗症和大脑受损的部位有关。

如果导致弥漫性的脑损害，患者可以出现明显的智力和计算能力的下降。如果脑实质受损，恢复的过程中可能出现瘢痕，患者可以遗留癫痫的后遗症。

如果损伤视神经患者可以出现视力障碍，脑细胞损伤的患者，还可以出现肢体的活动障碍，病情特别严重的患者，甚至可以出现脑死亡导致植物人。