流行性出血热可以出现腹泻。流行性出血热经常出现消化道的症状，一般轻者可以表现为食欲减退，严重的患者可以出现恶心、呕吐。部分病人有腹痛、腹泻，常常被误诊为急性肠炎和细菌性痢疾。少数因为剧烈腹痛、腹肌紧张、腹部压痛、反跳痛而误诊为急腹症。

一般情况下流行性出血热与上述疾病来鉴别，可以通过醉酒貌、皮肤黏膜的瘀点瘀点、条索状的出血点以及眼睑和颜面部水肿、肝肾损害来鉴别。实验室检查白细胞及淋巴细胞比例升高，出现异形淋巴细胞、血小板下降。

尿常规表现为大量的蛋白尿、生化肌酐升高、转氨酶升高，流行性出血热IGM抗体阳性可以进一步帮助鉴别。