流行性感冒的病原体是流行性感冒病毒，简称流感病毒。流感病毒可以分为三型，即甲型、乙型、丙型。其中，感染人类的最为多见的是甲型流感病毒，其次是乙型流感病毒。特别是甲型流感病毒，其抗原容易变异、传染速度较快、传染性强。甲型流感病毒根据自身的抗原可以进一步的分为多种亚型。

因流感病毒具有传染性，从而造成流行性感冒也具有较强的传染性。要早期予以隔离治疗，还要注意部分流行性感冒容易合并细菌感染形成肺炎，特别是以肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等混合感染较为多见。故对流感合并肺炎的患者，还要注意其肺部感染的病原体，再针对性抗感染治疗。