甲亢会对生殖系统产生影响。

儿童甲状腺功能亢进症患者，尽管其生长和骨骼生长加速，但是有可能会出现性发育的延迟。甲亢妇女可能会出现月经紊乱，主要表现为月经周期延长或缩短。最初可以表现为经量减少，最终可以发生闭经。

同时育龄期甲亢妇女，可以表现为生育率的下降，即使怀孕，其流产的风险也增加。甲亢妇女怀孕机会减少，与甲状腺功能状态无明显相关性，其自身抗体的存在被认为是预测流产的易感标志。

对于男性甲亢患者，由于甲亢导致其雄激素向雌激素转化率增加，可导致其乳房发育，及勃起功能障碍。