龟头炎发作时隐痛会持续多久与龟头炎的严重程度有很大关系。如果龟头炎比较严重，没有得到很好的治疗，隐痛会一直存在，所以应根据感染病菌的类型对症治疗。

如果为细菌感染所致，可服用抗生素类的药物，比如青霉素类或头孢类消炎药，隐痛可逐渐缓解。

如果为真菌感染，可使用高锰酸钾溶液对龟头以及阴茎局部进行清洗，待干燥后可外涂扶严宁软膏，通常三到五天可有效缓解症状，隐痛也会逐渐消失。

如果龟头炎反复发作，合并包皮龟头炎，在炎症得到控制后，应及早进行包皮环切手术。