克罗恩病关节炎是由克罗恩病病症引起的一种并发症。克罗恩病病因是经络堵塞，许多患者会出现关节炎、关节疼痛。

经络堵塞形成占位性病变，腹部肌肉张力和拉力增加，失去了肌肉应有的弹性使血液循环不畅。

感染因素中，具体病因尚不清楚，分枝杆菌病毒被重点疑及。可能致病抗原与肠上皮蛋白质有共同的抗原性，从而导致了自身免疫。

遗传基因决定了患者对肠腔抗原物质过强的免疫应答，构成了易感性病变，好发于末段回肠及邻近结肠。从口至肛门之消化道各段包括食管、胃均可受累，并有肠外表现。