软下疳治愈后有可能出现后遗症，比较常见的可能会出现性功能障碍。即使通过规范治疗，达到治愈效果，也可能由于精神心理压力而影响性功能正常发挥，出现阳痿、早泄等临床症状。并且还会影响到日常生活，以及家庭和睦等。

另一后遗症可能会导致不孕不育，这可能跟是由于患病后对生殖管道以及生殖细胞的影响所导致的。

没有得到规范治疗，还会出现淋巴结炎、继发感染、尿道狭窄、排尿困难、尿道瘘等一系列并发症。所以必须配合临床规范性治疗，治疗后还需要配合医嘱定期进行复查。