甲状腺肿大不一定是因为囊肿。甲状腺肿大的病因有三种，缺碘是最常见的原因，长期碘摄入不足，可导致甲状腺肿。

先天性甲状腺素合成障碍，由于体内某些酶的缺陷而影响碘的有机化，碘化酪氨酸偶联和甲状腺球蛋白水解等，使甲状腺素腺素合成发生障碍，从而引起甲状腺肿大。

治甲状腺肿物质，某些物质可导致甲状腺激素合成引起甲状腺代偿性肿大。还有一些抗甲状腺素合成的药物，摄入碘或服用含碘药物过多可阻碍甲状腺内碘的有机化，引起甲状腺肿大。