隐孢子虫病发热可以给予普通的退热药进行治疗，退热药能够使患者的体温降低，减轻体温高给患者导致的不舒适的症状，但是退热治疗只属于对症治疗，不属于主要的治疗方法，不能单纯给予退热治疗。

对于明确感染的隐孢子虫病，要给予患者即使的抗感染的治疗，控制感染才是治疗的基础。

有些患者感染隐孢子虫会表现为腹痛、腹泻的症状，在给患者抗炎治疗的同时要积极的补充体液，防止患者发生脱水，这样才能有利于患者病情的恢复。