孕酮低是不会影响胎儿智力的。

一般在怀孕早期，卵巢黄体会分泌足够量的孕酮来支持胚胎发育，这也是怀孕早期胚胎发育所需要的最重要的激素之一。但是，如果孕妇出现黄体功能不足时，分泌的孕酮就比较低，就有可能出现先兆流产或者胚胎停止发育的情况。所以，出现孕酮低导致的先兆流产，经检查胚胎存活时，可以给予黄体酮保胎治疗。经补充孕酮后，大部分孕囊能继续发育，并且不会出现智力障碍。

在临床上影响胎儿智商的因素主要是胎儿宫内慢性缺氧，或者急性缺氧时间长未纠正导致的，或者胎儿合并有染色体异常时，这些因素是有可能导致胎儿出生后出现智力障碍的。