咽食管憩室主要的并发症是进行性的吞咽困难，随着食物进食困难后有可能会导致患者出现恶心、食欲不振，以及营养不良、体重下降。

如果有反流物的误吸有可能会引起肺炎、肺脓肿以及肺穿孔、肺出血等症状。如果憩室炎症感染治疗不及时，有引起溃疡或者穿孔、坏死、出血等症状时，可能会引起纵隔脓肿以及支气管瘘等，少部分患者还可能会出现食管炎，以及食管狭窄或者恶变。

因此，一旦明确疾病诊断后，大部分患者都建议手术治疗，少部分没有明显症状的患者，可以通过保守治疗的方式缓解。