对于自然流产孕囊没有排干净的情况下，可以通过清宫手术进行治疗和药物促进子宫收缩来进行排出体外。

由于宫腔内有残留物质以及其他胚胎组织的情况下，会导致子宫腔内有一定的感染，而对于孕囊没有排干净剩余不多的情况下，也可以采用药物促进子宫收缩来进行调理。

患者在自然流产以后一定要多注意卧床休息，在家流产一周以后去医院做一个详细的检查，查看孕囊排出的情况。在一个月以内一定要禁止性生活、盆浴，能够避免细菌的上行感染，同时患者一定要注意保暖。