体检时发现梅毒阳性的处理方法，要依据个人的身体情况决定。

如果以前感染过梅毒，经过正规的治疗后，只是单纯发现梅毒抗体阳性，不需要担心。这种情况仅是对曾经患病的一种标记，并不是正在感染梅毒，不需要处理。

如果是第一次发现梅毒阳性，建议及时选择长效青霉素进行治疗。如果青霉素过敏的情况下，建议使用多西环素或者米诺环素等四环素类的药物，进行相应的治疗。尽早将梅毒螺旋体清除干净，避免对人体造成持续性的破坏。