孕初期同房主要的影响有以下几方面：

1.孕初期正是受精卵着床和分裂的时期，这个时期胚胎会比较敏感，如果同房可能就会造成宫颈和子宫受到刺激，干扰受精卵着床和分裂的过程，可能会引起流产，或者胚胎早期发育异常现象出现。

2.孕初期由于女性机体内分泌水平发生了变化，不但会使女性出现早孕的反应，还会因此导致生殖系统抵抗力下降。如果同房可能会引起病菌感染，不但会造成孕妇阴道炎症发生，还可能会导致胎儿宫内感染引起发育畸形等。

所以，怀孕初期要避免同房，才能更好地促进孕期母婴健康和安全。