肛门长肉球疼痛难忍，首先到肛肠科做肛门局部的检查，明确诊断以后，通过药物治疗或者是进行手术治疗。

肛门长肉球疼痛，比较常见的是外痔有水肿或者血栓的情况，首先通过中药坐浴进行疼痛的改善，同时还可以涂抹药膏进行对症治疗。如果肛门长肉球疼痛是由于肛管、直肠内的息肉或者是肿瘤组织发生了脱出，要及时地将脱出的部分送回，并且完善相关检查，通过手术的方法进行治疗。

另外，也要排除是不是局部发生了感染性的疾病，比如是由于肛门周围间隙脓肿所引起的，需要通过手术进行治疗。