治疗肛瘘的方法有很多，主要包括以下一些方法：

第一，药物治疗。主要为抗菌药物的治疗，因为肛瘘会出现反复的感染以及肿痛症状，使用抗菌药物可以控制感染，有效地缓解肿痛症状。

第二，非手术治疗方法，包括生物制剂条堵塞、胶水封堵、肛瘘镜的治疗等等。但总体来说，复发率相对偏高。

第三，手术治疗是最主要的治疗方法，绝大多数的肛瘘都需要通过手术治疗才能完全治愈。手术方式主要包括肛瘘切除术、肛瘘瘘管切开术、肛瘘切开挂线术以及LIFT手术等。