目前关于隐匿性肾炎的发病机制并不清楚，也就是隐匿肾炎是怎么引起的并不是非常的明确。通常认为隐匿性肾炎是一种自身免疫反应性疾病，具体的说可以有多种原因引起，比如细菌、病毒、寄生虫、药物可以作为病原体，这些病原体侵入人体以后，体内的防御系统就产生抵抗这些病原体的物质，称之为抗体。在抗体抵抗抗原的过程中，抗体战胜了入侵的病原体，疾病就得痊愈。然而，在抗体抵抗抗原的过程中，同时也会破坏自身的组织，从而引起疾病，这就是不正常的免疫反应，因此又称为自身免疫反应性疾病，隐匿性肾炎就是通过这种免疫作用造成肾小球炎症的。