抽电子烟会头疼的原因大致包括以下两个方面：

1.由于初次接触电子烟，对电子烟的气味或者某种成分不适应，同时大脑神经比较敏感，当吸入电子烟时产生明显头晕、头痛等不适症状。

2.由于抽电子烟时间过长，大脑神经长时间受到烟雾刺激，出现头痛、头晕、胸闷、恶心等不适。

因此，建议平时抽电子烟时要先适当进行尝试，一旦出现不舒服的感觉及时停止。还要掌握好时间，不要长时间抽电子烟，以免导致上述症状出现。