肛门经常疼痛可能是由于痔疮、肛周脓肿、肛瘘以及肛裂等疾病引起。肛门周围软组织的神经分布非常丰富，因此很多肛门疾病都可以引起肛门疼痛，但不同疾病引起肛门疼痛的性质以及伴随症状有所不同。

当痔疮伴有血栓或脱出嵌顿时会引起肛门肿物并疼痛，肛裂引起肛门疼痛的时候还会伴随大便带血，血色为鲜红色的动脉血。

肛周脓肿可以引起肛门胀痛不适，位置深的脓肿还可以引起直肠刺激症状以及发热等全身症状。肛瘘可以引起肛门反复的红肿、破溃、流脓。