肩关节疼痛并伴有发热，有可能是肩关节存在炎症造成。

考虑到出现了炎症最主要的症状，红、肿、热、痛的其中两个症状，肩关节存在炎症的可能性就比较大。炎症又分为无菌性炎症和有细菌的感染性炎症。对于细菌感染造成的感染性炎症，可以通过磁共振看到肩关节里是否有严重的积液，或者是有没有化脓的迹象。如果有，可以考虑做肩关节穿刺取液做培养。如果能找到细菌，需要针对性地使用抗生素，同时接受肩关节镜下清理手术或者置管引流。

如果确定为无菌性炎症，最常见的原因是风湿、类风湿关节炎或痛风导致的关节炎。其具体属于哪一种，还要做进一步检查。风湿、类风湿需要查免疫及风湿，确诊需要进行抗风湿治疗；痛风则需要做血尿酸检测，如果确诊，除了止痛，还必须降尿酸。