新生儿淋球菌性结膜炎的诊断，主要根据临床表现以及分泌物涂片和结膜刮片，找到革兰氏阴性双球菌进行诊断。

临床表现为，分娩后3到5天出现双眼的急性的炎症反应，表现为流泪、怕光、眼睑高度水肿、球结膜突出于睑裂之外，有假膜形成，分泌物由开始的浆液性很快变成脓性，脓液量多，不断从睑裂流出。常常有耳前淋巴结肿大和压痛。严重病例可以并发角膜溃疡，甚至眼内炎。

婴儿可能并发其他部位的化脓性炎症，如关节炎、脑膜炎、肺炎、败血症等等。分泌物涂片和结膜刮片可以见到上皮细胞内外聚集成对的革兰氏阴性双球菌。