婴儿大便有泡泡多，是因为肠道的内容物不能充分消化，造成无氧酵解有关系。处理方法可根据不同的情况采取不同的措施。

1.消化不良。多见于饮食不当、过量饮食。除了大便有气泡外，多伴有绿屎、腹胀表现。治疗需要服用促消化药物同时控制饮食，减少高蛋白食物摄入以改善症状。

2.如果3月内小婴儿常伴有大便有气泡，同时可能有腹泻、大便带血、呕吐、体重增加不顺利等情况，需考虑乳糖不耐受或者蛋白过敏情况。需要补充益生菌、乳糖酶，或者更换部分水解奶粉，或深度水解奶粉替代治疗。

大多数孩子大便有气泡多为一过性过程，可自愈。