非IgA系膜增生性肾炎可以导致很多的并发症，肾功能不全进展的不同阶段，可以出现不同的并发症。

发病早期没有明显的后遗症，可以表现为无症状性的蛋白尿或者是血尿。随着病情的进展，患者可以出现高血压，血压水平会随着肾功能下降而进一步升高。非IgA系膜增生性肾炎可以导致慢性的肾功能不全，慢性肾功能不全会导致患者发生贫血，而且贫血的症状会进行性的加重。

非IgA系膜增生性肾炎可以表现为肾病综合征，患者可以出现低蛋白血症。肾功能不全的晚期，可以出现心功能不全的症状。