与卵巢囊肿相鉴别的疾病有：

1.卵巢畸胎瘤。可以发生在任何年龄段，一般多没有明显症状出现，如果畸胎瘤增长速度比较快，很容易发生扭转，出现突发性下腹部疼痛等急腹症表现。而且，多见于单侧、比较光滑，活动度也比较好。但是，B超检查发现囊肿内是不均质的团块。

2.卵巢巧克力囊肿。为卵巢子宫内膜异位症的一种，多发生在育龄期的女性，多会出现继发性痛经进行性加重。

3.子宫肌瘤。浆膜下肌瘤或者是肌瘤囊性病变与卵巢实质性肿瘤或囊肿容易相混淆，子宫肌瘤多为多发性与子宫相连。