女性肛门如果有疼痛，具体的使用药物还是要根据疾病的种类。

如果肛门的疼痛是由于肛裂所引起，可以使用中药制剂或者是稀释的高锰酸钾溶液，进行局部的坐浴和熏洗。同时涂抹硝酸甘油软膏进行对症的治疗，促进裂口的愈合。

如果疼痛是由于肛门周围感染性的疾病，暂时不能通过手术进行治疗，可以使用抗生素软膏进行局部的涂抹，还可以口服抗生素药物进行对症的治疗。

如果女性肛门疼痛是由于痔疮发生了脱出，或者是由于痔疮有水肿、血栓、发炎所引起，可以使用中药泡洗以后配合马应龙麝香痔疮膏、肛泰软膏以及普济痔疮栓、九华痔疮栓等药物直肠内给药。

在发生肛门疼痛以后，建议患者先到正规医疗机构的肛肠科进行检查，及时地进行对因、对症的治疗。