宝宝胆汁淤积的病因很复杂，由于病因不同，预后的差异也较大。宝宝胆汁淤积性肝病最常见的病因，包括病毒感染、胆管发育结构的异常以及遗传代谢病所致的胆汁淤积。

小宝宝最常见的病毒是巨细胞病毒感染，通过积极的抗病毒、保肝利胆治疗，大部分孩子在数月就能恢复正常。

如果是胆管结构异常造成的胆汁淤积，后遗症的差别随异型程度的不同和治疗方案的选择而不同。常见的后遗症包括胆管的损伤和胆道的出血、肝脏的损伤等。