输卵管囊肿是否可以做腹腔镜手术，需具体情况具体分析。腹腔镜手术属于微创的手术，其是否能正常进行，除了疾病本身的情况，还与医生的手术操作能力，患者的身体状况等因素有关。

例如如果患者同时存在重要脏器严重疾病、凝血功能障碍、腹腔内大出血等，是腹腔镜手术的禁忌证。但如果是单纯的输卵管囊肿，患者身体状况良好，是可以考虑做腹腔镜手术的。

因此，是否能做腹腔镜手术，需在术前做好综合评估，而且输卵管囊肿术后需常规行病理检查，明确疾病的性质后再做进一步诊疗。