吻合口溃疡的治疗，多建议进行内科保守治疗。吻合口溃疡的形成多是由于患者进行了胃及十二指肠手术后，吻合口部位由于其抵抗力较差，或者因为胃酸分泌过多，存在幽门螺旋杆菌感染等因素。导致吻合口部位黏膜损伤，而引发的一种临床表现。

治疗方面一般建议以三联或四联疗法为主，需要使用制酸剂抑制胃酸的分泌，使用胃黏膜修复剂修复损伤的胃黏膜。如果检查存在幽门螺旋杆菌感染，需要配合一种或两种抗生素进行消炎治疗。

如果患者溃疡面积较大，或者有恶性变的可能性，还要建议进行手术治疗。