全身关节疼痛是由于关节本身或全身性病变所引起，多是由于软组织性、软骨性、骨性和炎症性等原因导致，自身免疫系统疾病，如红斑狼疮和牛皮癣，也会侵犯关节出现全身关节疼痛。

化脓性关节炎有全身其它部位感染的病史或局部外伤的病史，疼痛的关节可以有肿胀，如果部位深在也可能不明显，但都有体温升高、关节疼痛、不能活动、血象升高等现象。

痛风也是引起全身关节疼痛的主要原因，痛风导致全身关节疼痛主要是由于食用海鲜和饮酒，进而诱发体内嘌呤代谢障碍。