阴茎畸形的原因可以是先天性，也可以是后天形成，阴茎畸形的先天性原因主要有以下几种：

第一，阴茎缺如，阴茎发育障碍而缺如，但阴囊睾丸发育正常，由于阴茎缺如，尿道口常开口与会阴部肛门、直肠内，因此排尿的方向发生改变，当然，这种情况不能进行性交活动。

第二，潜伏阴茎，阴茎被阴囊会阴部耻骨部等皮下脂肪掩盖，而阴茎又短小，很容易误诊为阴茎缺如症，但随着阴茎发育可显露，潜伏阴茎多数合并泌尿系统畸形，需要进一步的手术治疗。