颅骨骨髓炎是开放性颅脑损伤的主要并发症之一。单纯的颅骨骨髓炎如果不合并脑内的损伤或感染，一般不会损害中枢神经系统的功能。

如果颅骨骨髓炎合并硬膜外脓肿、化脓性脑膜炎、硬膜下脓肿、脑内脓肿形成，以及脑室的感染，甚至出现脑干的感染，可以合并不同程度的脑组织损伤，从而引起中枢神经系统的损伤，留下不同程度的后遗症。如智力低下、肢体偏瘫、癫痫发作、感觉异常等。

因此颅骨骨髓炎建议早期及时性进行抗感染治疗，必要时采用局部分泌物细菌学培养，根据药敏培养结果选用有效的抗生素抗感染治疗。